Þrjár fisktegundir finnast í Veiðivötnum; urriði (Salmo trutta), bleikja (Salvelinus alpinus) og hornsíli (Gasterosteus aculeatus). Veiðimálastofnun undir stjórn Magnúsar Jóhannssonar hefur rannsakað fiskinn í Veiðivötnum frá árinu 1985. Megintilgangurinn hefur verið að fylgjast með ástandi fiskistofnanna með áherslu á nýliðun urriða og ástand og vöxt sleppiseiða og ungfiska. Einnig hefur útbreiðsla og viðgangur bleikju verið athuguð. Rannsóknirnar eru unnar fyrir Veiðifélag Landmannaafréttar.
